Sorta, con l'autorizzazione delle Autorità Greche e Italiane, nel 1956 come scuola privata, era destinata a studenti greci e italiani. Nel 1962 è nata la Scuola Media Statale Italiana, seguita dal Liceo Scientifico Statale (quadriennale) nel 1971. Continuavano ad esservi ammessi studenti italiani e greci. Presso i Greci, il nome ufficiale è SCUOLA ITALIANA di Atene.
Nell'anno scolastico 2006/07 è stato celebrato il cinquantesimo anniversario del funzionamento del Liceo.
L’edificio in cui ha sede la Scuola Italiana di Atene è proprietà della Nunziatura Apostolica; il MAE corrisponde ad essa un canone annuale di affitto.
La Scuola Italiana è l’unica in tutta la Grecia e non ha fini di lucro (M.P.I. ellenico DIR. CULT. NOTA nr Z 223.185/3/145-70); l’organo di riferimento è il Ministero degli Affari Esteri per il tramite dell’Ambasciata d’Italia in Atene.
La Scuola, funzionante secondo i curricula delle Scuole Italiane, è costituita da:
SCUOLA DELL’INFANZIA a carattere privato
SCUOLA DEL PRIMO CICLO (Elementare e Media)
LICEO SCIENTIFICO STATALE